Usa-Places.com ने सैन डिएगो में लगभग 11 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। . सैन डिएगो के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। यहूदी परिवार सेवा, सैन डिएगो कहो, सैन डिएगो काउंटी का वाईएमसीए: कॉर्पोरेट कार्यालय, न्यू अल्टरनेटिव्स इंक., व्यायाम पर अमेरिकी परिषद, चमत्कारी बच्चे, यहूदी समुदाय फाउंडेशन सैन डिएगो, सैन डिएगो और इंपीरियल काउंटियों का अस्पताल संघ, सैन डिएगो काउंटी मेडिकल सोसाइटी & ल्यूकेमिया और लिम्फोमा सोसायटी.