Usa-Places.com ने वाटरटाउन में लगभग 8 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। . वाटरटाउन के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। वाटरटाउन अर्बन मिशन, सामुदायिक कार्य योजना, जेफरसन काउंटी के बच्चों का घर, जेफरसन काउंटी के बच्चों का घर, न्यू डे चिल्ड्रन सेंटर, उत्तरी न्यूयॉर्क कम्युनिटी फाउंडेशन, सेक्रेड हार्ट फाउंडेशन & यूनाइटेड वे ऑफ नॉर्दर्न न्यू यॉर्क इंक।.