Usa-Places.com ने फ्लैगस्टाफ में लगभग 19 चर्चों को सूचीबद्ध किया है। फ्लैगस्टाफ के कुछ टॉप रेटेड चर्चों हैं। ग्रैंडफॉल चर्च ऑफ गॉड (पवित्रता), रैंच चर्च, हार्वेस्ट बाइबिल फ्लैगस्टाफ मंत्रालय केंद्र, ओनेट्रिब चर्च, द डोर फ्लैगस्टाफ चर्च, पथ समुदाय चर्च, लेस्टैडियन लूथरन चर्च, प्रार्थना देखो इंटरनेशनल & कोवेंट चर्च।