Usa-Places.com ने फ्लैगस्टाफ में लगभग 25 कॉलेजों को सूचीबद्ध किया है। फ्लैगस्टाफ के कुछ टॉप रेटेड कॉलेजों हैं। इंजीनियरिंग सूचना विज्ञान और अनुप्रयुक्त विज्ञान कॉलेज - NAU, एथलेटिक प्रशिक्षण विभाग - NAU, मैकेनिकल इंजीनियरिंग विभाग - NAU, रसायन विज्ञान और जैव रसायन विभाग - NAU, ग्रेजुएट कॉलेज - NAU, संचार स्कूल - NAU, नर्सिंग स्कूल - NAU, W. A. ​​फ्रेंक कॉलेज ऑफ बिजनेस — NAU, सामाजिक और व्यवहार विज्ञान कॉलेज - NAU & संचार विज्ञान और विकार विभाग - NAU।