Usa-Places.com ने सैन डिएगो में लगभग 5 प्राथमिक विद्यालय को सूचीबद्ध किया है। सैन डिएगो के कुछ टॉप रेटेड प्राथमिक विद्यालय हैं। सेंट माइकल अकादमी प्राथमिक विद्यालय, पैराडाइज हिल्स एलीमेंट्री स्कूल, ली प्राथमिक विद्यालय, पैसिफिक व्यू लीडरशिप एलीमेंट्री & ज़मोरानो प्राथमिक विद्यालय।