Usa-Places.com ने फ्लैगस्टाफ में लगभग 2 मिडिल स्कूल को सूचीबद्ध किया है। फ्लैगस्टाफ के कुछ टॉप रेटेड मिडिल स्कूल हैं। फ्लैगस्टाफ जूनियर अकादमी & फ्लैगस्टाफ मिडिल स्कूल।