Usa-Places.com ने सैन डिएगो में लगभग 3 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। सैन डिएगो के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। सीमा एन्जिल्स, अवर लेडी ऑफ एंजल्स चर्च & सैन डिएगो यूथ एक्शन बोर्ड।