Usa-Places.com ने सैन डिएगो में लगभग 7 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। सैन डिएगो के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। सैन डिएगो के वयोवृद्ध गांव (वीवीएसडी), सैन डिएगो युवा सेवाएं, मानसिक स्वास्थ्य प्रणाली इंक, सैन डिएगो रिवर पार्क फाउंडेशन, सैन डिएगो काउंटी डेंटल सोसाइटी, हमारी विरासत संगठन बचाओ & पॉइंट लोमा यूथ फ़ुटबॉल।