Usa-Places.com ने सैन डिएगो में लगभग 11 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। सैन डिएगो के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। यहूदी परिवार सेवा, सैन डिएगो कहो, सैन डिएगो काउंटी का वाईएमसीए: कॉर्पोरेट कार्यालय, न्यू अल्टरनेटिव्स इंक., व्यायाम पर अमेरिकी परिषद, चमत्कारी बच्चे, यहूदी समुदाय फाउंडेशन सैन डिएगो, सैन डिएगो और इंपीरियल काउंटियों का अस्पताल संघ, सैन डिएगो काउंटी मेडिकल सोसाइटी & ल्यूकेमिया और लिम्फोमा सोसायटी।