Usa-Places.com ने सैन डिएगो में लगभग 2 धार्मिक संगठन को सूचीबद्ध किया है। सैन डिएगो के कुछ टॉप रेटेड धार्मिक संगठन हैं। सैन डिएगो के चर्च ऑफ साइंटोलॉजी & सीडीओ चर्च।