Usa-Places.com ने फ्लैगस्टाफ में लगभग 12 स्कूलों को सूचीबद्ध किया है। फ्लैगस्टाफ के कुछ टॉप रेटेड स्कूलों हैं। नोल्स प्राथमिक विद्यालय, थॉमस प्राथमिक विद्यालय, डब्ल्यू एफ किलिप प्राथमिक विद्यालय, फ्लैगस्टाफ यूनिफाइड स्कूल डिस्ट्रिक्ट, पीक स्कूल, स्टार चार्टर स्कूल, कोकोनीनो काउंटी स्कूल अधीक्षक, नॉर्थलैंड क्रिश्चियन स्कूल, फ्लैगस्टाफ पब्लिक स्कूल & फ्लैगस्टाफ यूनिफाइड स्कूल डिस्ट्रिक्ट।